El OAA está organizado de manera que, con su estructura y operación eficiente y eficaz, pueda dar confianza en las actividades de acreditación y servicios ofrecidos. Su estructura contempla los siguintes niveles:

• Uno de dirección, supervisión y administración del Organismo compuesto por la Asamblea, el Consejo Directivo, el Consejo Ejecutivo, el Responsable de Calidad, la Comisión de Partes y la Comisión Revisora de Cuentas.

• Un segundo nivel operativo, conformado por el Gerente Operativo, los Comités de Acreditación y el Comité de Evaluación, Recursos Humanos, Relaciones Institucionales, las Áreas de Laboratorios, Organismos, Calidad y la de Proyectos y Desarrollo, los Evaluadores e Inspectores, la Secretaria Técnica – Administrativa y el sector de Contabilidad y Finanzas

• Y un tercer nivel asesor, constituido por los Comités Técnicos de las Áreas de Laboratorios y Organismos y el de BPL.